Ce présent travail à pour objectif d’initier la recherche in silico des gènes et des protéines en relation avec la salinité (stress salin) chez l’espèce diploïde qui est la légumineuse modèle Medicago truncatula d’un intérêt agronomique important, en utilisant les bases de données moléculaires disponibles sur le web (NCBI et EMBL EBI). Les deux banques de données, ont générés des résultats intéressants et différents de point de vue quantité et nature d’information obtenues, avec plus de résultats générés par GenBank (NCBI) par rapport à la base de donné biologique (EMBL- EBI). La recherche de similitude de séquence utilisant l’outil BLAST (Basic Local Alignment and Search Tool) chez l’espèce modèle Medicago truncatula pour le gène qui code la protéine kinase de type récepteur riche en cystéine a montré des similitudes de séquences significatives par rapport à l’espèce tétraploïde Medicago sativa, ce qui ouvre une perspective de recherche encore plus approfondie en utilisant d’autres bases de données spécialisées afin d’avoir des informations suffisantes et exploitables.
Inhaltsverzeichnis
- Introduction
- Matériel et Méthodes
- Matériel végétal étudié
- Méthodes
- Recherche des gènes et des protéines en relation avec le stress salin en utilisant la base de données NCBI
- Recherche des gènes et des protéines en relation avec le stress salin en utilisant la base de données EMBL-EBI
Zielsetzung und Themenschwerpunkte
Diese Arbeit befasst sich mit der in silico-Recherche nach Genen und Proteinen, die in Verbindung mit Salzstress bei Medicago truncatula stehen. Die Studie zielt darauf ab, die molekularen Mechanismen der Salztoleranz bei dieser wichtigen Nutzpflanzenart zu verstehen.
- Identifizierung von Genen und Proteinen, die mit Salzstress bei Medicago truncatula zusammenhängen.
- Untersuchung der Sequenzähnlichkeit zwischen Medicago truncatula und anderen Modellarten.
- Analyse der Rolle von Cystein-reichen Rezeptorkinase-ähnlichen Proteinen bei Salzstress.
- Nutzung von molekularen Datenbanken wie NCBI und EMBL-EBI zur Datenrecherche.
- Anwendungen von Bioinformatik-Tools wie BLAST zur Sequenzanalyse.
Zusammenfassung der Kapitel
- Introduction: Der Text stellt die Bedeutung von Leguminosen wie Medicago truncatula als Nutzpflanzen und deren Rolle in der Stickstofffixierung dar. Er erläutert die Auswirkungen von abiotischem Stress, insbesondere Salzstress, auf Pflanzenzellen und die Notwendigkeit, Salztoleranzmechanismen zu erforschen.
- Matériel et Méthodes: Dieses Kapitel beschreibt das verwendete Pflanzenmaterial (Medicago truncatula) und die Methoden, die für die in silico-Recherche nach Genen und Proteinen im Zusammenhang mit Salzstress verwendet werden. Es umfasst die Nutzung von Datenbanken wie NCBI und EMBL-EBI sowie das BLAST-Tool.
Schlüsselwörter
Die Arbeit konzentriert sich auf die Untersuchung der genetischen und molekularen Grundlagen der Salztoleranz bei der Leguminose Medicago truncatula. Wichtige Schlüsselwörter sind: Medicago truncatula, Salzstress, Cystein-reiche Rezeptorkinase-ähnliche Proteine, BLAST, NCBI, EMBL-EBI.
Häufig gestellte Fragen
Was ist das Ziel der in silico-Recherche bei Medicago truncatula?
Ziel ist die Identifizierung von Genen und Proteinen, die mit der Salztoleranz der Modell-Leguminose Medicago truncatula in Verbindung stehen.
Welche Datenbanken wurden für die Forschung genutzt?
Es wurden die molekularen Datenbanken NCBI (GenBank) und EMBL-EBI verwendet, wobei NCBI umfangreichere Ergebnisse lieferte.
Welche Rolle spielen Cystein-reiche Rezeptorkinasen?
Diese Proteine stehen im Fokus der Untersuchung, da sie eine wichtige Rolle bei der Reaktion der Pflanze auf abiotischen Stress wie Salzgehalt spielen.
Was wurde durch das BLAST-Tool herausgefunden?
Das Tool zeigte signifikante Sequenzähnlichkeiten zwischen der diploiden Medicago truncatula und der tetraploiden Medicago sativa (Luzerne) auf.
Warum ist die Forschung zum Salzstress bei Leguminosen wichtig?
Salzstress beeinträchtigt das Pflanzenwachstum und die Stickstofffixierung massiv; das Verständnis der molekularen Mechanismen hilft bei der Züchtung toleranterer Nutzpflanzen.
- Citation du texte
- PhD Adel Amar Amouri (Auteur), 2017, Identification et recherche in silico de la protéine kinase de type récepteur riche en cystéine chez la légumineuse "Medicago" en relation avec le stress salin, Munich, GRIN Verlag, https://www.grin.com/document/371811
