Quantitative Validierung von Pyrosequenzierungs-Assays für die hämatopathologische Diagnostik

Bachelor Thesis , 2014 , 57 Pages , Grade: 1,3

Medicine - Pathology

In dieser Bachelorarbeit wurden verschiedene Genetische Marker für hämatologische Krebserkrankungen (z.B. MyD88, U2AF1, Jak2), mithilfe derer Aussagen über die Diagnose bzw. Prognose einer Krebserkrankungen machen können, eingesetzt, um die Methode der Pyrosequenzierung auf ihre Grenzen hin zu testen. Es wurden verschiedene Ansätze (Plasmide, Patienten-DNA, etc.) gewählt, bei denen Verdünnungsreihen mittels Pyrosequenzierung analysiert wurden. Somit wurde letztendlich getestet, wie wenig mutierte Allele in einer Patientenprobe vorhanden sein dürfen, damit die Methode die Mutation noch zuverlässig detektiert.

Inhaltsverzeichnis

Zusammenfassung

Abkürzungsverzeichnis

1 Einleitung
1.1 Anwendungen von Sequenzanalysen in der Onkologie
1.2 Pyrosequenzierung als etablierte Methode in der Sequenzanalyse
1.3 Im Rahmen dieser Arbeit untersuchte genetische Marker
1.4 Zielsetzungen dieser Arbeit

2 Material
2.1 Verbrauchsmaterialien
2.2 Zelllinien
2.3 Patientenproben
2.4 Primer
2.5 Kitsysteme
2.6 Reagenzien und Lösungen
2.7 Geräte, Software und Datenbanken

3 Methoden
3.1 DNA-Isolierung aus FFPE-Gewebe
3.2 DNA-Konzentrationsbestimmung
3.2.1 NanoDrop 2000 Spectrophotometer
3.2.2 Qubit® 2.0 Fluorimeter
3.3 Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
3.4 Quantitative real-timePCR(qPCR)
3.5 Klonierung mittels TOPO®TA Cloning® - Technologie
3.6 Plasmidisolierung
3.7 Pyrosequenzierung
3.8 Polyacrylamid-Gelelektrophorese (PAGE)

4 Ergebnisse
4.1 Verdünnungsanalysen des Gens U2AF1
4.2 Verdünnungsanalysen des Gens MYD88
4.3 Verdünnungsanalysen des Gens Jak2

5 Diskussion
5.1 U2AF1: Analytische Sensitivität von Codon S34 im Vergleich zu Codon Q157
5.2 MYD88: Sensitivität niedriger als bei Codon S34 trotz Auftreten zusätzlicher Peaks
5.3 Jak2: Anwendung einer Zelllinien-Mischungsstudie zur Evaluierung der Sensitivität des Assays
5.4 Ausblick

Danksagung

Literaturverzeichnis

• College: Medical University Hanover (Zentrum Pathologie, Forensik und Genetik)
• Grade: 1,3
• Author: Lena Thöle (Author)
• Publication Year: 2014
• Pages: 57
• Catalog Number: V299936
• ISBN (eBook): 9783656963974
• ISBN (Book): 9783656963981
• Language: German
• Tags: Pyrosequenzierung, Jak2, U2AF1, MyD88, Hämatologie, Krebs, Genetische Marker, Diagnostik, Myelom, Leukämie